Program Studi PJJ Magister Teknik Informatika dikelola oleh Program Pascasarjana Universitas AMIKOM Yogyakarta. Program Pascasarjana berdiri sejak tahun 2008 (saat itu masih STMIK AMIKOM Yogyakarta) dan mendapat ijin untuk menyelenggarakan Program Studi Magister Teknik Informatika dengan Surat Keputusan Direktur Jenderal Pendidikan Tinggi No. 2000/D/T/2008 tertanggal 25 Juni 2008. Program studi mendapat ijin operasional dengan nomor 8277/D/T/K-V/2011 tertanggal 8 Agustus 2011.
Seiring berjalannya waktu, Universitas AMIKOM Yogyakarta mendapatkan izin untuk penyelenggaraan beberapa mata kuliah dengan sistem pendidikan jarak jauh dalam konsorsium bersama dengan APTIKOM. Bentuk pendidikan ini termuat dalam SK Menteri Pendidikan dan Kebudayaan Republik Indonesia No 240A/P/2014 dan SK Kemenristekdikti No 242/M/KPT/2016.
Pada tanggal 12-13 Mei 2018, Pascasarjana Universitas AMIKOM Yogyakarta diundang oleh Kemenristekdikti untuk mengikuti Pameran Pendidikan Jarak Jauh dalam rangka Hari Pendidikan Nasional.
Setelah pameran tersebut, Pascasarjana Universitas AMIKOM Yogyakarta mendapatkan kesempatan audiensi dengan Kemenristekdikti pada tanggal 8 Juni 2018. Melihat perkembangan pelaksanaan PJJ mata kuliah di Pascasarjana Universitas AMIKOM Yogyakarta Sekjen, Dirjen Dikti dan pejabat lain di Kemenristekdikti memberikan pengarahan agar Universitas AMIKOM Yogyakarta segera mengusulkan pendirian Program Studi PJJ S2 Teknik Informatika.
Berbekal arahan tersebut akhirnya Universitas AMIKOM Yogyakarta mengusulkan pendirian Program Studi PJJ Magister Teknik Informatika. Salah satu syarat pendirian Program Studi PJJ adalah adanya memiliki Unit Sumber Belajar Jarak Jauh (USBJJ). USBJJ harus mendapat rekomendasi dari LLDIKTI di wilayah setempat. Karena mendesaknya waktu, akhirnya pada tanggal 14 Agustus 2018 dokumen usulan program studi dapat terunggah dengan 2 USBJJ yaitu USBJJ Provinsi Banten di PT Time Excelindo Tangerang dan USBJJ Provinsi Sulawesi Selatan di Universitas Dipa Makassar. Pada tahun 2024, terdapat penambahan 2 USBJJ baru yaitu Universitas Muhammadiyah Gorontalo di Provinsi Gorontalo dan Universitas Teknologi Sumbawa di Nusa Tenggara Barat.
Pengakuan terhadap keberhasilan Pascasarjana dalam mengelola Program PJJ ditunjukkan dengan dipercayanya Direktur Pascasarjana sebagai Koordinator Bidang PJJ dan MOOC di APTIKOM. Salah satu kegiatannya adalah penyelenggaraan Open Education yang akan diresmikan langsung oleh Dirjen DIKTI dan akan diikuti oleh mahasiswa di seluruh Indonesia dalam kerangka Merdeka Belajar – Kampus Merdeka.
Program Studi PJJ S2 Teknik Informatika juga menjadi rujukan dari banyak perguruan tinggi, terbukti dengan banyaknya kunjungan dari berbagai perguruan tinggi untuk diskusi mengenai proses pendirian dan pengelolaan PJJ. Perguruan tinggi yang secara langsung datang ke Universitas AMIKOM Yogyakarta diantaranya adalah: 1) Universitas Gadjah Mada 2) Universitas Darmajaya Lampung 3) Universitas Tri Sakti 4) Universitas Jenderal Soedirman 5) STIE Mahardhika Surabaya 6) STIE Semarang.
Perguruan Tinggi yang mengundang Direktur Pascasarjana untuk menjelaskan tentang proses pendirian dan pengelolaan PJJ diantaranya: 1) Universitas Muhammadiyah Surakarta 2) Universitas Bina Darma Palembang 3) STMIK Nusa Mandiri 4) Universitas Cokroaminoto Palopo 5) Universitas Negeri Manado 6) Universitas Pamulang 7) Universitas Kristen Wira Wacana Sumba 8) Politeknik Caltex Riau 9) Universitas Wijaya Kusuma Surabaya.